茎腐病和心腐病对绿巨人危害很大，有些种植户30—50%的植株感染这两种病害，造成很大的经济损失。茎腐病和心腐病均属于“土壤真菌病害”，栽培过程中，土壤消毒不彻底，土壤带菌，植株自身的抗病性下降，因而造成病害大发生。另外，在施肥过程中，偏施氮肥，或缺乏某种元素，也是引起病害发生的重要原因。
防治方法：
对栽培基质彻底消毒（每立方米培养土一般用 2% 的甲醛10公斤喷雾薰杀可达到灭菌作用）, 同时，采用配方施肥法，或用绿巨人栽培液混合复合肥的方法施肥， 既降低成本，又能防治病害发生。此外，定期使用针对性强的杀菌剂喷施绿巨人茎部，通过综合防治措施，可使黑头病和心腐病的发病率低于千分之一。