综合工时制和标准工时制的区别在于制度定义不同、执行制度不同、工时指定适用不同、工作时间计算不同和实行工作制度不同。综合工时制加班费的计算是在工作日加班，其加班费按照百分之一百五进行支付等。
一、综合工时制和标准工时制的区别
综合工时制和标准工时制的区别如下：
1.制度定义不同：综合计算工时工作制，是指单位以标准工作时间为基础，以一定的期限为周期，综合计算工作时间的工时制度。标准工时制，是指法律规定的，关于在正常情况下，一般职工从事工作的时间的制度。
2.执行制度不同：行综合计算工时工作制的岗位，需企业报经当地区县劳动保障局批准，未经批准，不能任意扩大范围。标准工时制度，也称为标准工作制度，我国目前实行的是每日工作8小时、每周工作40小时的标准工时制。任何单位和个人都不得擅自延长职工的工作时间。
3.工时指定适用不同：综合计算工时工作制是指因工作性质特殊或者受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业，采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度，如建筑、旅游等岗位。但其平均工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
4.工作时间计算不同：标准工时，是按照劳动法的规定每天8小时制。而综合工时，是按行业的淡旺季划分，工作时间可以在一定的时间段内不执行上述规定，但全年平均下来仍要符合规定。综合工时制是指分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间。
5.实行工作制度不同：实行综合计算工时工作制，其工作时间不区分制度工作日与公休日。标准工作制是由立法确定一昼夜中工作时间长度，一周中工作日天数，并要求各用人单位和一般职工普遍实行的基本工时制度。
二、综合工时制加班费怎么计算
工作日的加班费按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付；休息日按照不低于劳动者本人小时工资标准的200%支付；法定节假日则支付不低于工资300%的报酬。
三、综合工时制的范围
适用综合工时制的规定的行业范围包括：交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的；地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的；综合工时制是分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。