贮藏百合可采用埋藏法，也可采用筐贮藏法。具体做法是：
1.预冷：贮藏前，需将百合均匀地铺在地上摊晾，以达到散热的目的。摊晾时，堆层高度以2—3只果球高为宜。摊晾的时间不宜过长，防止鳞片变色。预冷后应及时选果，抓紧贮藏。
2.选果：选择色白、个大、新鲜、球形圆整、鳞片肥大、不带须根、无松动散瓣、棕色瓣的百合果球贮藏。
3.消毒：贮藏用的容器应事先用0.5% 的漂白粉水溶液消毒,晒干后待用。所需黄砂要筛去杂质,并经烈日曝晒,晒干后方可使用。贮藏室应保持容器整洁,定期消毒,一般每隔两周用0.3%左右的甲醛与高锰酸钾熏蒸一次。
4.贮藏：在坑或筐底先铺一层约20毫米厚的砂子，然后按照一层百合一层砂子的顺序进行摆放，顶部用砂子封顶，不让百合暴露在空气中。这样百合在砂子中既能降低呼吸的速度、减少养分损失，又能保持一定的温度、湿度。
5.翻桩：百合贮藏后,不宜过多翻动,一般隔20—30天抽查一次,抽查时,只需按贮藏时间的先后次序，先翻动一小堆，如发现问题再继续翻，若没有发现异常现象，则及时用砂覆盖。如黄砂过湿，应及时换砂。
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