1、登录申报系统。排污单位登录网络地址http：//permit.mep.gov.cn，进入国家排污许可信息公开系统。
2、注册系统账号。排污单位首次使用系统，需自行注册账户，并用此账户登录、办理排污许可所有申报审批事项。注册需要企业填写企业名称、地址、统一社会信用代码等相关信息。排污单位登录公开系统，点击导航栏“网上申报”按钮，进入国家排污许可申请子系统进行注册。
3、填报申请内容及企业信息。登录进入国家排污许可核发平台，排污单位可选择相应的业务进行办理。申请排污许可证需点击“许可证申请”，进入后按照排污单位实际情况填报信息，并确保信息的真实性和有效性。以后如需对许可证进行变更、延续或补办，可点击相应选项。
4、申请前信息公开。在网上提交申请前，排污单位应将主要申请内容通过国家排污许可证信息管理平台或者其他途径等便于公众知晓的方式向社会公开，公开时间不得少于5个工作日；对于实行排污许可简化管理的排污单位，可不进行申请前信息公开。
5、网上提交申请。网上信息公开结束后，在国家排污许可管理信息平台上提交申请。其中，实行重点管理的排污单位向生产经营场所所在地的市级环境保护主管部门申请核发排污许可证；实行简化管理的排污单位向生产经营场所所在地的县级环境保护主管部门申请核发排污许可证。