使用高效液相色谱仪时，不要做以下几种流动相不过滤
由于灰尘或任何其他杂质颗粒会磨损柱塞、密封圈、气缸体和单向阀，所以移动相中的任何固体颗粒都应提前清除。流动相在玻璃容器中蒸馏，常用的方法是过滤。可使用微孔过滤器（0.2μm或0.45μm）泵的入口应连接到砂滤棒(或片)上*过滤器应经常清洗或更换。
使用后没有及时清洗泵
流动相不得含有任何腐蚀性物质，含有缓冲剂的流动相不得留在泵中，特别是在泵停止过夜或更长的情况下如果含有缓冲液的流动相留在泵内，由于蒸发或泄漏，甚至仅仅由于溶液的静止位置，都有可能析出细小的盐晶体，这些盐晶体会作为上述固体颗粒损坏密封圈和柱塞因此，需要泵纯水以*清洁泵，并用适合色谱柱保存和泵维护的溶剂（甲醇或甲醇-水用于反相粘结硅胶固定相）进行更换。
流动相走空
泵工作时注意防止溶剂瓶内流动相用尽否则空泵运行时也会磨损柱塞、气缸或密封圈终产生泄漏。
如果没有流动相位流出和压力指令怎么办？
泵里可能有大量的气体。此时，可以打开减压阀，使泵以大流量（如5ml/min）运转，排出气泡。也可以在泵出口使用50ml注射器帮助抽取气体另一个可能的原因是密封圈磨损了，需要更换。
压力和流量不稳了？
原因可能是气泡，需要消除；也可能是止回阀内有异物，可以清除并浸入丙酮中进行超声波清洗。有时在砂滤棒中可能存在气泡，或者被盐或繁殖微生物的细颗粒堵塞，当可以通过超声去泡去除和浸没在流动相中的砂过滤器棒时，或者可以将砂过滤棒浸入稀酸(例如4mol/l硝酸)中，以快速除去微生物，或者在立即清洗之前溶解盐。
压力为啥过高或过低？
可能是管路堵塞，需要清洗压力较低的原因可能是管道泄漏逐段检查堵塞或泄漏情况。
在梯度洗脱中，由于多种溶剂的混合和组成的变化，有一些特殊的问题需要充分注意：
在液相色谱仪中，复杂样品采用梯度洗脱在同一分析循环中，流动相的浓度比按一定的步骤不断变化，称为梯度洗脱。因此，根据合适的容量因子k，可以很好地分离出复杂样品中不同性质的组分。
梯度洗脱的优点：1.缩短分析周期；2.提高分离能力；3.峰型得到改善，很少拖尾；4.增加灵敏度。但有时引起基线漂移。）
梯度洗脱的流动相选择不当
注意溶剂的混溶性，不混溶的溶剂不能用作梯度洗脱的流动相有些溶剂可按一定比例混溶，超出范围不能混溶，使用时应注意。当混合有机溶剂和缓冲剂时，盐晶体也可以沉淀，特别是当使用磷酸盐时。
忽略的空白梯度洗脱
梯度洗脱所用溶剂的纯度较高，以确保良好的重现性样品分析前必须进行空白梯度洗脱，以识别溶剂杂质峰，因为弱溶剂中的杂质在色谱柱富集后将被强溶剂洗脱用于梯度洗脱的溶剂需要*脱气，以防止在混合时气泡。
忽略了溶剂混合所带来的粘度变化
混合溶剂的粘度往往随组成的变化而变化，因此在梯度洗脱过程中压力往往会发生变化。例如，甲醇和水的粘度较小。当它们以相同的比例混合时，粘度增加很多。此时，柱压约为流动相甲醇或水的两倍因此，应注意防止梯度洗脱过程中的压力超过*或色谱柱承受的大压力。