合同专用章和公章的法律效应是一样的，但公章的效力最高。合同专用章和公章的区别是使用范围不同、执章人不同、管理部门不同、权力和确认力不同、刻制不同。
一、合同专用章和公章的法律效应
合同专用章和公章的法律效应是相同的，公章在所有印章中具有最高效力。不管是在合同上盖公章还是盖合同章，该合同都是具有法律效力的。公章一般是单位处理内外部事务的印鉴，公司对外的正式信函、文件、报告使用公章，盖了公章的文件具有法律效力。合同章是专门用于合同签订的印鉴，在签订合同方面两者效力一样，只要是真实的。
二、合同专用章和公章的区别
合同专用章和公章的区别如下：
1.使用范围不同：
(1)公章适用范围广泛，涵盖合同章；
(2)合同章只能在合同上有用，不能办其他事。
2.执章人不同：
(1)一般公章由公司的法定代表人执掌，法定代表人如果把法定代表人章与公章一同使用就代表公司行为；
(2)合同专用章可由法人执掌，也可由专门的合同人员负责保管。
3.管理部门不同：
(1)公司合同专用章的管理部门一般为法律部门，公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门；
(2)公章在所有印章中具有最高的效力，是法人权利的象征，在现行的立法和司法实践中，审查是否盖有法人公章成为判断民事活动是否成立和生效的重要标准。
4.权力和确认力不同：
(1)公章在所有印章中具有最高的效力，是法人权利的象征。
(2)合同章是单位对外签订合同时使用，可以在签约的范围内代表单位，单位需承受由此导致的权利义务，公章可以代替合同专用章使用。
5.刻制不同。
三、合同专用章和公章编码一样吗
不一样。编码后六位是刻公章的那家刻章公司的序列号。友情提示，例如印章公司刻了同一个公司的财务章和公章，那么这枚公章的最后六位编号是011111，财务章是011112，财务章编号紧跟公章编号，他再接一单业务的话就011113。公司公章上，不一定都有编码。