肥料是药用植物生长不可缺少的重要物质，它对促进药用植物生长发育，提高产量和质量，起着重要作用。但必须注意合理施肥，不能按传统方法或沿用其他农作物的施肥方法进行套用滥施。现根据中药村规范化生产“gap”有关规定，归纳以下几点，供广大药农在生产时参考。
1.根据中药材的品种特性施肥中药材因其种类、品种及其生长发育的阶段不同，所需养分的种类、数量以及对养分的吸收强度也不相同。一般对于多年生的，特别是根茎类药用植物，如白芍、大黄、党参、牛膝、牡丹等，以施用充分腐熟的有机肥为主，增施磷钾肥，配合使用化肥，以满足整个生长周期对养分的需要；对于全草类中药材，可适当增施氮肥；对于花、果实、种子类的中药材，则应多施磷、钾肥。在中药材不同的生长阶段施肥也不同，生长前期，多施氮肥，使用量要少，浓度要低；生长中期，氮肥的用量和浓度应适当增加；生长后期，多用磷、钾肥，促进果实早熟、种子饱满。
2.根据土壤特性施肥（1）沙质土壤：要重施有机肥，如厩肥、堆肥、绿肥、土杂肥等，并掺加黏土，增厚土层，增强其保水肥能力。追肥应少量多次施用，避免一次使用过多而流失。（2）黏质土壤：应多施有机肥，并结合加施沙子、炉灰渣类，以疏松土壤，创造透水通气条件，并将速效性肥料做种肥和早期追肥，以利提苗发棵。（3）两合土壤：此类土壤兼有沙土、黏土的优点，是多数中药材栽培最理想的土壤，施肥以有机肥和无机肥相结合，根据栽培品种的各生长阶段需求合理施用。
3.根据天气施肥在低温、干燥的季节和地区，最好施用腐熟的有机肥，以提高地温和保墒能力，而且肥料要早施、深施，以充分发挥肥效。化学氮肥、磷肥和腐熟的有机肥一起做基肥、种肥和追肥施用，有利于幼苗早发，生长健壮。而在高温、多雨季节和地区，肥料分解快，植物分解能力强，追肥不宜施得过早，而且应量少次多，以减少养分流失。
4.施肥原则（1）以氮肥为主，磷、钾肥配合施用。（2）以基肥为主，配合施用追肥和种肥。（3）以农家肥为主，农家肥与化肥配合施用。在施用农家肥的基础上使用化肥，能够取长补短，缓急相济，不断提高土壤的供肥能力。同时能提高化学肥料的利用率，克服单纯施用化肥的副作用，以提高中药材的质量。