月季最常见的病害有白粉病、黑斑病、枝枯病、锈病等;可能发生的虫害有数十种，最常见的有介壳虫、蚜虫、红蜘蛛、蓟马、刺蛾虫、锯叶蜂等。针对以上病虫害，要加大力度进行防治。
在休眠期，也要进行修剪工作。修剪时间是在春节前后，主要是对2年以上的大棵月季从基部剪除病虫枝、枯枝、弱枝和重叠枝、交叉枝。另外就是分别根据月季的品种和特性及生长情况进行不同程度剪枝：对长势差的植株只保留2-3个主枝，可剪去2/3;对长势正常，株型端正、勤开花的品种，可剪去1/2左右;对长势健壮、开花频繁的植株，则只段剪去1/3。对修剪时造成的打的伤口涂抹愈伤防腐膜，促进伤口尽快愈合，防止病虫侵入。
土壤灭菌：土壤是病虫害传播的主要媒介，也是病虫繁殖的主要场所，定植前进行灭菌处理是防治此类病害的首要方法。土壤灭菌处理的常用方法有蒸汽消毒、药剂熏蒸如溴甲烷、威百亩等。
注意田间卫生：盆栽月季要注意保持室内通风良好和叶片干燥，在浇水和施肥时不要将水、肥溅洒在叶片上，避免采用淋浇的方式给水。田间适时适量灌水，避免田间过湿或积水而诱发各种根茎部病害。及时清除棚内棚外的杂草，不为害虫提供越冬场所。同时配以药剂处理，用新高脂膜兑水喷雾，以控制病害的进一步蔓延。发现某棵月季得了黑斑病、白粉病请隔离，病叶掐掉，消毁，以防传染给其它植株。
加强设施管理：定期检查温室大棚的隔离措施，控制害虫的侵入;温室大棚要有足够的通风除湿能力;合理的灌溉系统，避免弄湿植株;及时清洁棚膜，随温度变化及时通风换气和排湿。
药剂防治：使用化学农药防治时尽可能采用熏蒸(硫磺熏蒸、烟雾熏蒸)，采用喷雾方法时也要尽量选用不易留下污渍的农药。农药应喷洒在植株20厘米以下的部位，避免农药对切花月季的直接污染。切花月季对克螨特、菊酯类农药较敏感，容易出现药害，在防治时要慎重使用。