常见唐菖蒲球茎的病害有：
①球茎腐烂病。球茎感病后会出现黄褐色下陷的病斑，其边缘呈溃疡状。该病也能侵害叶片基部和叶鞘。防治方法：要避免连作与积水；发现病球要立即弃掉并烧毁；种植前仲秋要用高锰酸钾2%溶液浸泡1小时，取出阴干后栽种。
②青霉腐烂病。这是一种在球茎贮藏中，条件不适宜而经常发生的病害。感病后开始出现褐色凹陷病斑，后扩大产生绿色霉层，严重时球茎发生萎缩。防治方法：在球茎起挖、贮藏、包装、运输过程中要尽量减少损伤，发现霉烂要及时剔除；种植前要用药剂处理。
③首腐病。球茎感染该病初始出现褐黑色下陷、水渍状的斑点，随后病斑上分泌出透明或褐色肿状物，病斑边缘呈灰白色突起；该病也能危害叶鞘。不同唐菖蒲品种，其病斑的颜色有所不同。防治方法：如露地栽培要实施轮作，盆栽的要用消毒的培养土；球茎贮藏期间注意通风，温度、湿度不能过高，发现病球要及时处理掉。