犯罪违法所得会扣除成本，对于犯罪分子的违法所得会将成本与营利扣除，然后予以追缴或者责令退赔，违法所得是犯罪分子通过法律禁止的手段获取的利益。
一、犯罪违法所得是否扣除成本
犯罪违法所得扣除成本，对于“违法所得”认定，一般情况采取经营收入的“全部说”，因此成本与营利都会予以扣除。违法所得，是指行为人从事违反国家法律、法规规定的活动，即实施了国家法律、法规禁止的行为，或未履行法定义务所获得的利益。
《刑法》第六十四条
犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
二、违法所得与非法所得的区别
违法所得与非法所得的区别：违法所得是指行政相对人从事违反国家法律、法规规定的活动，即实施了国家法律、法规禁止的行为，或未履行法定义务的获利额；非法所得或称不法利益或不义之财，通常是犯罪所得，犯罪所得，收受他人的犯罪所得之赠与。在司法上，对于判刑确定的不法所得，大多会没收，或加征罚锾。
《中华人民共和国行政处罚法》第七十四条 除依法应当予以销毁的物品外，依法没收的非法财物必须按照国家规定公开拍卖或者按照国家有关规定处理。
罚款、没收的违法所得或者没收非法财物拍卖的款项，必须全部上缴国库，任何行政机关或者个人不得以任何形式截留、私分或者变相私分。
三、犯罪嫌疑人违法所得怎么认定
行为人通过法律禁止的手段获取的即可认定为违法所得。我国《刑法》规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔;对被害人的合法财产，应当及时返还;违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。