氦离子化气相色谱仪经过长时间的使用后，分流管线的内径逐渐变小，甚至*被堵塞。分流管线被堵塞后，仪器进样口显示压力异常，峰形变差，分析结果异常。在检修过程中，无论事先能否判断分流管线有无堵塞现象，都需要对分流管线进行清洗。分流管线的清洗一般选择丙酮、甲苯等有机溶剂，对堵塞严重的分流管线有时用单纯清洗的方法很难清洗干净，需要采取一些其他辅助的机械方法来完成。可以选取粗细合适的钢丝对分流管线进行简单的疏通，然后再用丙酮、甲苯等有机溶剂进行清洗。
氦离子化气相色谱仪的原理是：样品溶液进样后，首先进入汽化室，然后在载气的传送作用下进入色谱柱(载气常用氮气或氦气)，不同组分在色谱柱中被分离，依次流出色谱柱，被检测器检测，得到其含量。测定样品中某组分的含量时，需要先分析已知浓度的标准样品，然后将标准样品色谱峰的保留时间和峰面积与待测样品比对，计算待测样品中目标组分含量。
依据检测器的响应原理，可将其分为浓度型检测器和质量型检测器。
(1)浓度型检测器：测量的是载气中组分浓度的霎时变化，即检测器的响应值正比于组分的浓度，如热导检测器、电子捕获检测器。
(2)质量型检测器：测量的是载气中所携带的样品进入检测器的速度变化，即检测器的响应信号正比于单位时间内组分进入检测器的质量。如氢焰离子化检测器和火焰光度检测器。
在氦离子化气相色谱仪测定中，温度控制是重要的指标，直接影响柱的分离效能、检测器的灵活度和稳定性，温度控制系统主要指对气化室、色谱柱、检测器三处的温度控制。在气化室要保证液体试样霎时气化；在色谱柱室要控制分离需求的温度，当试样复杂时，柱温温度需求按一定程序控制温度变化，各组分在温度下分离；在检测器要使被分离后的组分经过时不在此冷凝。