一、拆迁协议合同纠纷怎么处理
拆迁协议合同纠纷的处理是应当协商，拆迁人与被拆迁人可以通过直接对话的方式达成和解协议。协商无法解决的可以司法起诉，运用法律手段与国家强制力维权自己的合法权益。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。
二、拆迁合同纠纷如何起诉对方
拆迁合同纠纷起诉对方的方式如下：
1.确定被告；
2.撰写起诉状、准备相关证据材料；
3.携带上述材料到人民法院提起行政诉讼。
拆迁人与被拆迁人达成协议后，一方或者双方当事人反悔的，未经行政机关裁决，仅就房屋补偿、安置等问题，依法向人民法院提起诉讼的，人民法院应当作为民事案件受理。
三、拆迁补偿合同违约金怎么算
拆迁补偿合同违约金的计算是应当以违约金超过造成的损失30%为标准适当减少计算，一般情况下合同中有违约金的规定就按合同中的计算，如果合同中没有明确违约金的制定，就按超过造成的损失30%为标准适当减少计算。
《中华人民共和国民法典》第五百八十五条【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。